Допускается ли подключение к TEPLOCOM-600, TEPLOCOM-1000 аккумуляторных батарей разной ёмкости?

Не допускается. Т.к. это приведет к преждевременному выходу из строя АКБ из-за неравномерного распределения напряжения заряда между ними и нестабильной работе ИБП.